字良友、修园，号慎修，长乐县人，生于医务世家，常往来福州、长乐间，为人治病，渐有名气。清乾隆五十二年(1787年)，就读于福州鳌峰书院。苦攻经史之余，还钻研医学，专心研究古代医学经典，颇有心得。见原书文辞深奥，遂加以浅注，或编成歌诀，著《伤寒论浅注》、《长沙方歌括》传世。乾隆五十七年 (1792年)中举。后会试不第，寄寓京师。适光禄寺卿伊朝栋患中风症，手足瘫痪，汤水不入，群医束手。念祖投以大剂而愈，声名大噪。后回长乐，任吴航书院山长。嘉庆三年(1798年)，主讲泉州清源书院。嘉庆六年(1801年)，再入京会试，不第，参加大挑，成绩甲等，以知县分发直隶保阳(今河北省保定)候补。时值盛夏，瘟疫流行，念祖用浅显韵语编成《时方歌括》，教医生按法施治，救活甚众。直隶总督熊谦得痺症，手指麻木，延及臂腕。念祖教以常服“黄芪五物汤”，并开方补肾养肝，病遂愈。其间还治愈当地妇女阴挺症。嘉庆十三年(1808年)，吏部郎谢在田头项强痛，心下满，小便不利，服表药无汗，反而烦躁，六脉洪散。经念祖处以桂枝去桂加茯苓白术汤，再投以栀子豉汤，病不再发。嘉庆十七年(1812年)，署磁州，改任枣强，升同知，擢代理正定知府。公务繁剧，仍撰写医书，为人治病。嘉庆二十四年(1819年)，以年老请休，在福州石井巷井上草堂讲学，培养医学人才；并曾治愈琉球国王之风症。念祖吸收古代医学精华，结合自己临床经验加以应用、补充，对医学通俗化、大众化作出重要贡献。林则徐在《金匮要略注序》中说：“近者业医者，无出其右。”著有：《神农本草经读》、《医学三字经》、《时方妙用》、《时方歌括》、《医学实在易》、《医学从众录》、《女科要旨》、《新方八陈砭》、《十药神书注解》、《金匮要略浅注》、《金匮方歌括》、《伤寒医诀串解》等30余种。其子元豹、元犀、孙子典、心兰和学生周易园、黄奕润等都以医名行世。