本名方是民，1967年9月生于福建云霄县（属闽南漳州市）。1985年考入中国科技大学生物系。1990年本科毕业后赴美留学。1995年获美国密歇根州立（Michigan State）大学生物化学博士学位，先后在罗切斯特（Rochester）大学生物系、索尔克（Salk）生物研究院做博士后研究，研究方向为分子遗传学。定居美国加利福尼亚州，为自由职业者，主要从事网站开发和写作。 1994年创办世界上第一份中文网络文学刊物《新语丝》，主持新语丝网站。1999年4月率先在互联网上批判法轮功。2000年创办中文网上第一个学术打假网站“立此存照”，揭露了几十起科学界、教育界、新闻界等学术腐败现象，新华社在2002年1月15日、2月23日曾发过两篇通稿报道，美国《科学》在2001年8月10日曾专文介绍。

批判中医是方舟子的一项重要工作，其新语丝网站有“中医骗子”栏目，并著有《批评中医》（中国协和医科大学出版社，2007）一书。